Les îles de Marseille sont situées dans la région la plus aride de France : très peu de pluie, un ensoleillement très important, des températures élevées et des vents forts.
En effet, il pleut moins sur les îles que sur le continent et essentiellement lors de quelques jours de forts orages où l’eau ruisselle et disparait dans le relief karstique ou en mer. Il n’existe aucun point naturel d’eau douce sur les îles.
La présence de la mer adoucit les températures d’hiver et maintient une humidité ambiante importante les nuits d’été qui contraste avec la sécheresse de la journée. Cette rosée joue un rôle très important pour la survie des êtres vivants.
Le soleil et l’insolation sont également des éléments importants. Les grandes surfaces de calcaire blanc accentuent le rayonnement lumineux et la sécheresse estivale.
Le vent est un facteur permanent du climat local : le mistral (de secteur nord-ouest) et le vent d’Est sont les maîtres des lieux, avec leur effet dessiccateur et leur action érosive sur le sol et la roche. Chargés d’embruns, ils sculptent les paysages et les êtres, ils influencent de manière déterminante les écosystèmes insulaires.