Près de 50% de la végétation des îles marseillaises constitue des habitats d’intérêt européen. Les conditions écologiques très contraignantes du milieu dictent la répartition de la végétation sur les îles. Les habitats se succèdent principalement en suivant un gradient d’halophilie (concentration en sel) globalement parallèle à la côte.

 
 

Au plus près de la mer, les rochers littoraux, soumis aux embruns, sont constitués de plantes dites halophiles (qui aiment le sel) dont plusieurs sont protégées comme la Saladelle de Provence. Cet ensemble est l’habitat privilégié d’un coléoptère rare, le Charançon de la camphorée.

Sur la roche plus compacte, les phryganes à Astragale sont également constituées d’espèces halorésistantes dont quatre sont caractéristiques et protégées : l’Astragale de Marseille, le Plantain à feuilles en alène, les Passerines hirsute et tartonraire.
Les pelouses à Brachypode rameux se retrouvent souvent en mosaïque avec les garrigues littorales. Bien que pauvre en diversité floristique en raison des conditions climatiques extrêmes, la conservation de cet habitat est considérée comme prioritaire au niveau européen. La pelouse à Limonium echioides et Mysotis pusilla est une formation de plantes annuelles printanières en mosaïque avec la garrigue à Romarin. Sur sable nu elle est présente uniquement sur l’île de Riou.
A l’abri du mistral, les buissons de lentisque et de romarin, parfois âgés de plusieurs décennies, forment une végétation en « peau de léopard ». Derrière un éperon rocheux, les rares pinèdes du Frioul ont pour particularité la forme de leurs arbres torturés par le vent (anémo-morphose). Il s’agit pourtant de beaux individus accompagnés d’une grande diversité d’arbustes : Lentisque, Fragon petit houx, Alaterne, etc. Cet habitat constitue un abri pour les passereaux migrateurs faisant escale sur les îles.
Enfin les falaises à l’abri des embruns, tournées vers le nord captent l’humidité atmosphérique. On y observe des lichens fruticuleux (Rocelle phycopsis), des fissures et grottes profondes abritant la scolopendre, fougère bénéficiant d’une protection nationale.
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