Sous une apparente uniformité, les îles présentent pourtant une grande originalité floristique. A titre d’exemple, les archipels marseillais abritent 20 espèces protégées et menacées en France ou en PACA. Blottie derrière chaque rocher, la flore insulaire comporte certaines espèces se raréfiant fortement sur le continent en raison de l’urbanisation grandissante et de la sur fréquentation du littoral. Certaines d’entre elles, quasi disparues en France, occupent sur les îles, de belles stations fortes de plusieurs centaines d’individus.
Les communautés végétales des îles de Marseille vivent dans des conditions tellement particulières et si différentes de celles qui prévalent sur le continent, que les espèces ont du s’adapter aux éléments naturels, et développer des traits morphologiques, physiologiques et phénologiques appropriés qui vont définir un patrimoine floristique remarquable.

L’insularité a permis à cette richesse botanique exceptionnelle de se maintenir dans un état de conservation remarquable. Cependant, elles subissent un certain nombre de dégradations dues au piétinement, à la cueillette, à l’arrachage pour les feux, à l’envahissement par les plantes introduites ou par nitrophiles opportunistes liées à la prolifération des Goélands leucophées, au broutage par les lapins et par les rats, aux embruns pollués qui provoquent des nécroses.